1 – Shebang et /usr/bin/env python
Lorsque vous programmez sur un sytème Unix, le shebang correspond aux caractères #! qui se trouve au début de la première ligne d’un script. Le shebang est suivi du chemin complet du programme qui interprète le script.
En Python, on trouve souvent la notation
#! /usr/bin/python
Cependant, l’exécutable python ne se trouve pas toujours dans le répertoire /usr/bin. Pour maximiser la portabilité de votre script Python sur plusieurs systèmes Unix, utilisez plutôt cette notation :
#! /usr/bin/env python
Dans le cas présent, on appelle le programme d’environnement env (qui se situe toujours dans le répertoire /usr/bin) pour lui demander où se trouve l’exécutable python.
2 – Python et utf-8
Si vous utilisez des caractères accentués dans des chaînes de caractères ou bien même dans des commentaires, cela occasionnera une erreur lors de l’exécution de votre script.
Pour éviter ce genre de désagrément, ajoutez la ligne suivante à la deuxième ligne (la position est importante) de votre script :
# -*- coding: utf-8 -*-
En résumé, tous vos scripts Python devraient ainsi débuter par les lignes :
#! /usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
3 – Vitesse d’itération dans les boucles
La vitesse d’itération (de parcours) des élements d’une liste peut être très différente selon la structure de boucle utilisée. Pour vous en convaincre, copiez les lignes suivantes dans un script Python (par exemple boucles.py) puis exécutez-le.
Code python
#! /usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
import time
# création d’une liste de 5 000 000 d’éléments
# (à adapter suivant la vitess de vos machines)
taille = 5000000
print « Création d’une liste avec %d élements » %( taille )
toto = range( taille )
# la variable ‘a’ accède à un élément de la liste
# méthode 1
Code python
start = time.time()
for i in range( len(toto) ):
a = toto[i]
print « méthode 1 (for in range) : %.1f secondes » %( time.time() – start )
# méthode 2
Code python
start = time.time()
for ele in toto:
a = ele
print « méthode 2 (for in) : %.1f secondes » %( time.time() – start )
# méthode 3
Code python
start = time.time()
for i in xrange( len(toto) ):
a = toto[i]
print « méthode 3 (for in xrange) : %.1f secondes » %( time.time() – start )
# méthode 4
Code python
start = time.time()
for idx, ele in enumerate( toto ):
a = ele
print « méthode 4 (for in enumerate): %.1f secondes » %( time.time() – start )
Vous devriez obtenir une sortie similaire à celle-ci :
Code python
poulain@cumin> ./boucles.py
Création d’une liste avec 5000000 élements
méthode 1 (for in range) : 1.8 secondes
méthode 2 (for in) : 1.0 secondes
méthode 3 (for in xrange) : 1.2 secondes
méthode 4 (for in enumerate): 1.4 secondes
La méthode la plus rapide pour parcourir une liste est donc d’itérer directement sur les éléments (for element in liste). Cette instruction est à privilégier le plus possible.
La méthode for i in range(len(liste)) est particulièrement lente car la commande range(len(liste)) génère une énorme liste avec tous les indices des éléments (la création de liste est assez lente en Python). Si vous voulez absolument parcourir une liste avec les indices des élements, utilisez plutôt la commande for i in xrange(len(liste)) car l’instruction xrange() ne va pas créer une liste mais incrémenter un compteur qui correspond à l’indice des éléments successifs de la liste.
Enfin, la commande for indice, element in enumerate(liste) est particulièrement efficace pour récupérer en même temps l’élément et son indice.
4 – Liste de compréhension
Une manière originale et très puissante de générer des listes est la compréhension de liste. Pour plus de détails, consultez à ce sujet le site de Python et celui de wikipédia.
Voici quelques exemples :
Code python
Nombres pairs compris entre 0 et 99
print [i for i in range(99) if i%2 == 0]
Le même résultat est obtenu avec
Code python
print range(0,99,2)
ou
Code python
print range(0,99)[::2]
Jeu sur la casse des mots d’une phrase.
Code python
message = « C’est sympa la BioInfo »
msg_lst = message.split()
print [[m.upper(), m.lower(), len(m)] for m in msg_lst]
Formatage d’une séquence avec 60 caractères par ligne
# exemple d’une séquence de 150 alanines
seq = « A »*150
width= 60
print « n ».join( [seq[i:i+width] for i in range(0,len(seq),width)] )
Formatage fasta d’une séquence (avec la ligne de commentaire)
commentaire = « mon commentaire »
# exemple d’une séquence de 150 alanines.
Code python
seq = « A »*150
width= 60
print « > « +commentaire+ »n »+ »n ».join( [seq[i:i+width] for i in range(0,len(seq),width)] )
Sélection des lignes correspondantes aux carbones alpha dans un fichier pdb
Code python
# ouverture du fichier pdb (par exemple 1BTA.pdb)
pdb = open(« 1BTA.pdb », « r »)
# sélection des lignes correspondantes aux C alpha
CA_line = [line for line in pdb if line.split()[0] == « ATOM » and line.split()[2] == « CA »]
# fermeture du fichier
pdb.close()
# éventuellement affichage des lignes
print CA_line
5 – Sauvegardez votre historique de commandes
Vous pouvez sauvegarder l’historique des commandes utilisées dans l’interpréteur Python avec le module readline.
Code python
>>> print « hello »
hello
>>> a = 22
>>> a = a + 11
>>> print a
33
>>> import readline
>>> readline.write_history_file()
Quittez Python. L’historique de toutes vos commandes est dans votre répertoire personnel, dans le fichier .history. Relancez l’interpréteur Python.
Code python
>>> import readline
>>> readline.read_history_file()
Vous pouvez accéder aux commandes de la session précédente avec la flèche du haut de votre clavier.
Code python
>>> print « hello »
hello
>>> a = 22
>>> a = a + 11
>>> print a
33